Pčele su podložne infekciji i infestaciji mnogih nametnika i bolesti. Budući da su pčele društveni insekti, vrlo su podložne epidemijama. Zato je bitno da pčelari, osim prepoznavanja prisutnosti nametnika i bolesti, znaju kako smanjiti njihov utjecaj na kolonije, pčelinjake i okolinu. Ključni faktori su prevencija širenja infekcije i održavanje dobre higijene pčelinjaka i alata. Također, svaka košnica i alat se upotrebom habaju te je potrebno voditi računa i o tome. Ako se njihovom održavanju ne posveti dovoljno pažnje, njihov vijek trajanja se smanjuje čime se povećavaju troškovi proizvodnje meda i ostalih pčelinjih proizvoda.
Pčele nagonski nastoje održati higijenu u košnici i zaštiti je. Kako bi zaštitile košnicu od vjetra, hladnoće i neprijatelja, pčele zatvaraju pukotine i rupe na košnici ili sužavaju leto. Zaštitu od ljetnih vrućina pronalaze u proširivanju leta i drugih otvora, dobivajući tako više svježeg zraka u košnici. Pčele održavaju higijenu košnice izbacujući mrtve pčele i sve što više nije potrebno u košnici. Također, čiste saće i poliraju stanice kako bi matica u njih mogla položiti jaja. Ličinke uginule od američke gnjiloće također bivaju izbačene. Različite vrste pčela izbacuju ličinke uginule od američke gnjiloće različitim brzinama. Brzina izbacivanja takvih ličinki ovisi o osobinama matice unutar genoma i o otpornosti pčela na američku gnjiloću. Ako u košnici ugine miš i sl., pčele ih balzamiraju tako da ih oblijepe propolisom. Takvo ponašanje je vrlo korisno jer sprječava zaraze. No, ponekad rad samih pčela nije dovoljan i potrebna je intervencija pčelara.
Pod utjecaj vlage i sunca daske košnice se šire i skupljaju što može uzrokovati pucanje dasaka. Ako drvo toliko ispuca da pčele mogu prolaziti kroz pukotine, tada u košnicu mogu ući pčele tuđice i može se pojaviti grabež. U jesen ose koriste te prolaze kako bi krale med iz košnice.
Osim grabeži, pri nižim temperaturama postoji opasnost da pčele ozebu. Kroz pukotine u košnicu ulazi hladan zrak i odnosi toplinu koja je pčelama prijeko potrebna. Nadalje, rupe i pukotine omogućavaju ulazak vode kada pada kiša i udara u vanjsku stranu košnice. Zato ih je odmah potrebno zatvoriti, ili privremeno zatvoriti na neki drugi način. Zatvorenu rupu je potrebno premazati uljanom bojom kako bi se to mjesto zaštitilo od vlage i truljenja.
Košnica obojena uljanom bojom ili premazana sredstvom za impregnaciju drveta ne upija vlagu izvana. Bez zaštite vlaga ulazi u drvo, te tako prolazi i do unutrašnjosti košnice gdje uzrokuje plijesan ili gljivično oboljenje (vapnenasto leglo).
Budući da vlažna košnica brže truli, važno je zaštititi ju i drugim načinima osim uljanom bojom i sredstvima za impregnaciju. Jedan od ključnih faktora je izbjegavanje vlažnih terena, te postavljanje košnica na malo uzvišen teren sa stalnim laganim strujanjem zraka. Postolje košnice treba biti dovoljno visoko (30-40 cm od zemlje), te takvo da se na njemu ne zadržava voda. Kako bi se spriječilo slijevanje vode u košnicu kada pada kisa ili se topi snijeg, postolja s prednje strane trebaju biti malo niza. Dobra praksa je gradnja podnica na način da je prednja strana malo niza, što u kombinaciji s premazom uljanom bojom omogućava lakše slijevanje vode s podnice.
Tijekom sezone pčele lijepe propolisom manje otvore na košnici, manje okvire na mjestima gdje dodiruju druge dijelove, i ventilacijske otvore zamrežene žicom. Ponekad nanesu toliko propolisa na okvire da se može činiti da su zakovani za košnicu ili jedan za drugi.
U rano proljeće je pčelinja zajednica slabija nego tijekom ljeta, pa ne posjeda sve okvire. Naslage voska i propolisa na okvirima, iza pregradne daske, i na dijelovima košnice gdje nije pčelinje gnijezdo su mjesta pogodna za razvoj voskovog moljca. Voskov moljac može vrlo brzo uništiti velike količine voska te tako nanijeti veliku štetu pčelinjaku. Zato je potrebno ostrugati taj vosak i propolis čim to vremenske prilike dopuste. Saće koje pčele ne mogu sačuvati od voskovog moljca je potrebno ukloniti. Vosak i propolis ostrugani s okvira i zida košnica je potrebno sakriti od pčela. Mrvice voska na podnici nastale otklapanjem meda u zimu je potrebno što prije pretopiti jer se u njima mogu nalaziti jaja voskovog moljca. Propolis sakupljen od zdravih pčela se može prodati. Nikako ne bacati na zemlju ostrugani i prikupljeni materijal iz košnice, jer su to idealni uvjeti za pojavu i širenje pčelinjih bolesti.
Ako se sumnja na neku bolest, tada je ostrugani materijal potrebno spaliti. Najbolje je paliti ga navečer jer inače postoji opasnost da će se pčele zaletavati u vatru zbog mirisa voska i propolisa. Pepeo i ostatke koji nisu izgorjeli je potrebno zakopati kako ne bi došlo do širenja zaraze.
Razlozi uginuća pčelinje zajednice mogu biti različiti, mogući su napad tuđica, bolest, glad ili loša hrana. Bez obzira na uzrok uginuća, pčelar treba zatvoriti košnicu čim primijeti uginuće kako druge pčele ne bi mogle ući i pokupiti bolest ako je prisutna. Takvu košnicu je potrebno odnijeti što dalje od pčelinjaka i čim prije očistiti i dezinficirati. Potrebno je ostrugati svu prljavštinu, propolis i vosak i zatim je opaliti let-lampom ili butanskim plamenikom. Nakon tog postupka preporučeno je dezinficirati košnicu 4%-nom otopinom natrij-hidroksida. Ako zajednica nije uginula od američke gnjiloće, tada se saće mogu dezinficirati 4%-nom otopinom formalina. Za pripremu otopine formalina bitna je koncentracija u kojoj je nabavljena. Ako je za pripravu 4%-ne otopine formalina korištena 40%-na otopina, tada se za 10 litara 4%-ne otopine uzima jedna litra 40%-nog koncentrata formalina i miješa s devet litara vode. Nakon prskanja saće se stave u praznu košnicu koja se dobro zatvori. Košnica treba odstajati četiri sata na temperaturi koja nije niža od 20°C. Zaostali miris formalina se može odstraniti prskanjem 1%-nom otopinom tekućeg amonijaka.
Dobar način dezinfekcije je i para 80%-tne octene kiseline. Prije korištenja kiseline metalne dijelove je potrebno premazati voskom ili parafinom jer kiselina nagriza metal. Na okvire se stavi vata natopljena tom kiselinom. Na svaki okvir stavlja se i 1 ml te kiseline, na jedan L.R. nastavak 10 ml, a na 100 okvira (10 nastavaka) stavlja se 100 ml.
Ako su košnice dotrajale ili su u njima pčele uginule od neke zarazne bolesti, košnice je potrebno spaliti.
Prazne košnice ili nastavke je potrebno uredno pohraniti na mjesto zaštićeno od vlage i atmosferskih prilika. Kako vlaga od zemlje ne bi mogla doći do košnica, treba ih staviti na neko postolje. Odozgo ih treba pokriti nadstrešnicom ili bilo čim drugim što bi moglo poslužiti za tu svrhu. Sve otvore i pukotine treba zatvoriti kako ne bi ulazili miševi, ose, pčele itd. Nastavke umazane medom nakon vrcanja treba izvana oprati vodom kako se ne bi namamile pčele i izazvao grabež.
Polomljene i stare saće se ne smiju ostavljati vani jer mogu izazvati grabež i omogućiti širenje pčelinjih bolesti. Saće predviđene za pretapanje se trebaju odnijeti s pčelinjaka i što prije pretopiti kako bi se spriječilo naseljavanje voskovog moljca. Ako se ne pretapaju odmah, onda ih je potrebno ostaviti jakim pčelinjim zajednicama na čuvanje ili tretirati sumporom i upakirati. Saće od uginulih zajednica, i saće oštećene od miševa je potrebno odmah pretopiti. Ako je saća iz pčelinjaka zahvaćenog američkom gnjiloćom, treba ju spaliti skupa s okvirima.
Alat (dlijeto, kapa, dimilica itd.) se ne ostavljaju vani. Osobito vrcaljka i posude za vrcanje, bez obzira da li su oprani, trebaju biti spremljeni izvan dohvata pčela. Alat se treba smjestiti u za to predviđeni sanduk kako ga ne bi pržilo sunce i močila kiša ili rosa. Ako se alat umazan medom ne spremi na zaštićeno mjesto, može se pojaviti grabež.
Pčelinjaci se najčešće postavljaju u voćnjaku, na njivi ili livadi. Tijekom pčelarske sezone na njima brzo izraste visoka trava ili korov, što može ometati ulazak pčela u košnicu. Ponekad može biti uzrok uginuća pčela koje zbog težine nektara, peludi, ili vode padaju u travu i pokušavajući uzletjeti zbog iscrpljenosti uginu pred košnicom.
Zbog toga je potrebno osigurati čist prostor ispred košnice, kako bi pčele mogle neometano ulaziti i izlaziti. Treba odsjeći i grane drveća koje bi mogle ometati pčele u letu ili pak stalno raditi hladovinu košnici. Mogu se ostaviti samo one grane koje košnici daju hladovinu od 11 do 15 sati, štiteći košnicu od jake žege.
Još jedan veliki problem s visokom travom i korovom je da mogu skrivati neprijatelje pčela kao što su krastava žaba i jež. Osobito su opasne zmije otrovnice koje se zbog topline košnice često kriju ispod košnice. U krajevima s otrovnicama pčelari osobito trebaju paziti na zmije prilikom prenošenja košnica na glavnu pašu. Nečist okoliš, suho lišće i korov pogoduju pojavi miševa koji tijekom zime mogu načiniti veliku štetu košnicama. Zato je potrebno travu redovito kositi, a korov kositi ili uništavati herbicidima koji nisu štetni za pčele. Pokošenu travu, korov i opalo lišće treba maknuti od pčelinjaka i spaliti. Blizina deponija gnojiva, staja za stoku, poljskih toaleta i sl. nije dobra za pčelinjak, zbog prisustva muha koje mogu prenijeti bolesti pčela.
Sav pribor i oprema s vremenom habaju, osobito ako se ne vodi briga o njima. Vrlo je bitna higijena i ispravnost alata korištenog u radu s pčelama jer se lako mogu prenijeti pčelinje bolesti i izazvati grabež. Primjerice, pčelarskim dlijetom pokreće se okvir kako bi se lakše izvadio, te se struže propolis i prljavština s podnice. Dlijeto može biti umazano medom i ako se ne opere odmah, na njega dolaze pčele te se lako izaziva grabež. Zato je potrebno pri radu na pčelinjaku imati posudu s vodom kako bi se pribor odmah mogao oprati od meda. Posudu je potrebno držati pokrivenu kako pčele ne bi uzimale tu vodu.
Pri radu s bolesnim zajednicama potrebno je obratiti posebnu važnost na čistoću pribora. Najbolje je imati posebni pribor za rad s takvom zajednicom, a inače bolesnu zajednicu treba pregledati zadnju. Ako se za sve zajednice koristi isti pribor, potrebno ga je dezinficirati 80%-nim alkoholom. Metalni pribor je dobro također i opaliti let lampom ili barem plamenom zapaljenog papira radi dodatne dezinfekcije.
Pribor za otvaranje saća (vilica, nož, posude za medne poklopce itd.) treba biti od nehrđajućeg materijala, uvijek čist i ispravan. Pribor koji nije od nehrđajućeg materijala s vremenom korodira. Sav korišteni pribor nakon rada treba dobro oprati kako ne bi ostali tragovi meda na njima, te kako ne bi privlačio pčele. Posude u kojima se čuvaju poklopci saća i med, te posuđe u koje padaju poklopci saća trebaju biti od nehrđajućeg materijala. Ako pribor za otvaranje saća nije od nehrđajućeg materijala, treba ga poslije uporabe i pranja dobro osušiti, te premazati vrućim voskom ili parafinom.
Vrcaljke i ambalaža za čuvanje meda također trebaju biti od nehrđajućeg materijala. Vrcaljku je potrebno poslije korištenja dobro oprati, osušiti i spremiti u prostoriju kojoj pčele nemaju pristupa. Vrcanje meda iz bolesne košnice je potrebno obaviti na kraju, a pribor, alat i centrifugu nakon korištenja dobro oprati i dezinficirati 80%-nim alkoholom.
Čišćenje i dezinfekcija košnice, pribora i alata su bitni u pčelarskoj djelatnosti. Ako se ne obavljaju redovito, taj posao može postati težak fizički rad. Pri prilikom čišćenja je uvijek potrebno koristiti zaštitnu opremu, osobito zaštitne naočale, gumene čizme, vodonepropusne rukavice i nepropusna pregača. Prije rada s kemijskim sredstvima bitno je prije korištenja detaljno proučiti upute proizvođača. Održavanje košnice nije samo ključno za pčelara čiji je pčelinjak, nego i za okolne pčelinjake. Zapostavljanje održavanja pčelinjaka, alata, a i okoline samog pčelinjaka ugrožava koloniju, i olakšava širenje infekcija i nametnika. To ne utječe samo na pčelara koji ne vodi brigu o održavanju, već i na okolne pčelare čije su kolonije pod većim rizikom od infestacija i infekcija. Loša higijena i neurednost su jedan od glavnih uzroka problema u pčelinjaku. Zbog toga je održavanju pčelinjaka i higijeni opreme potrebno pristupiti vrlo ozbiljno.